Cari Blog Ini

Senin, Mei 31, 2010

Importing Endnote to Bibus

There are only few postings about BIBUS on the Internet. It motivates me to share my valuable experience when playing around with Bibus. What I want to tell you is that I have successfully converted my Endnote collection to BIBUS ( over 800 references). Here is my experience doing a little experiment on importing Endnote format to BIBUS.

I spent quite a lot of my time playing with Bibus, a free bibliography manager. Bibus is a good replacement for Endnote, a proprietary software run on windows machine. ( I was a big fan of Endnote). Bibus appearance is very similar to that of Endnote, so this is a good news for those used to use Endnote. Another good thing is that Bibus interface is user-friendly, and of course, it comes at no cost at all.



I would recommend it to everyone who looking for bibliography manager with limited budget. The following are some other reasons why I recommend it to everyone
- Instalation is as simple as clicking your mouse.
- You can chose database ( Sqlite and MySQL). Sqlite is its default so you might want to chose it as an experiment. You can change the database anytime you want!
- It has the capability of searching articles you needed and import it to its database so that you can easily cite them using your favorite word processor.
- Bibus work with open office, Lyx, Both are free software, and MS Word.
- Bibus run on both Linux and Windows
- And many other reasons you might find when you use it

Now we come to the hard point. For those who convert from Endnote, there are some little problems with importing from other format (including Endnote). However, importing database from other format is not impossible. As I search on the internet, there are a lot of people complaining about importing huge amount of references. I have found a workaround that might help. Here are summary of what I did with bibus
- Importing as many as 831 references in endnote XML format with unsatisfactory result because it dropped the Journal Name for the journal article. This is my interest because the vast majority of my references are journal article.
- Converting endnote XML to MODS and converting MODS to RIS using bibutils software, then importing the RIS format to Bibus was disappointing because it dropped a huge amount of my references
Converting endnote XML to MODS and converting MODS to BIBTEX using bibutils software, then importing the BIBTEX format to Bibus was frustrating because my laptop didn’t even respond. I noticed the process used > 90 % of my CPU.
At this point, people tended to give up Bibus and started looking other alternative such as Zotero. Zotero is also a great one. However, I didn’t give up playing arround with Bibus.

Later I tried these steps
- I went back to Endnote and exported only journal article (instead of importing all references) as many as 650 to Endnote XML file, then converted the file to MODS then to RIS format. these steps were done with bibutils. Why would I do that?. Well, previous experience taught me not to import Endnote XML file directly because it dropped the journal name).
Next Import the RIS file to Bibus. BINGGO... it worked perfectly. Nothing dropped, everything is fine.

I repeat the last step with other types of reference ( book, section in a book, website, Magazine, etc ). At this time, I didn’t convert it to MODS and to RIS because the type of the references don’t have journal name). Just import the files ( Endnote XML) to Bibus and it will be fine. Now I have all of my references imported just like the way I want.

Conclusion.
- Except for importing huge amount of references, BIBUS does its job correctly. So if you don’t need to import anything and wish to do a fresh kick off, then BIBUS is recommended
-If you have a long list of references already, then you might want to export journal article separately, convert it to RIS, and Import RIS to BIBUS, you should be fine. The rest type of reference can be imported directly from Endnote XML to BIBUS without any other problems !
- Type of Article still matter when importing to Bibus, so be advised and be wise.

Note.
I use Linux Ubuntu, Open Office Writer, Sqlite, Bibus 1.5.1. I believe this guide will work on windows machine too. Please let me know !

Rabu, Maret 17, 2010

How to make cross tab query in MySQL (database management)

As I wrote a script to display cross tab data (for my personal need), I searched for effective methods to get the job done. I came across many techniques that can be used to workout exactly the same job (Cross-tab). However, the simplest technique to do the job is using statement “SELECT DISTINCTROW”.


SELECT DISTINCTROW [FieldName], count([FieldName]) FROM [TableName] Group By [FieldName]

Example
SELECT DISTINCTROW stbayar , count(stbayar) as Jumlah
FROM pengunjung
GROUP BY stbayar
ORDER BY jumlah DESC

this will return

stbayar Jumlah
U 7216
J 5742
A 2987
P 1755
N 242
K 225
L 6

you might want to create your own tricks, please let me know if they work !

Keep sharing on the spirit of UBUNTU

How to make cross tab query in MySQL (database management)

As I wrote a script to display cross tab data (for my personal need), I searched for effective methods to get the job done. I came across many techniques that can be used to workout exactly the same job (Cross-tab). However, the simplest technique to do the job is using statement “SELECT DISTINCTROW”.


SELECT DISTINCTROW [FieldName], count([FieldName]) FROM [TableName] Group By [FieldName]

Example
SELECT DISTINCTROW stbayar , count(stbayar) as Jumlah
FROM pengunjung
GROUP BY stbayar
ORDER BY jumlah DESC

this will return

stbayar Jumlah
U 7216
J 5742
A 2987
P 1755
N 242
K 225
L 6

you might want to create your own tricks, please let me know if they work !

Keep sharing on the spirit of UBUNTU

Sabtu, Februari 13, 2010

Nautilus tidak bisa membuka My Computer setelah instalasi glib.

Beberapa waktu lalu saya menginstall pidgin (software untuk chatting di linux) terbaru langsung menggunakan source code. Ternyata pidgin terbaru meminta glib yang baru juga (setidaknya bagi yang menggunakan Jaunty Jackalope). Sekali lagi saya menginstall glib yang diminta juga dengan menggunakan source code
.


Setelah selesai menginstall saya mendapatkan bahwa USB yang dicolokkan ke komputer saya tidak lagi bisa dibaca otomatis. Saya mencoba menggunakan nautilus file manager untuk membuka melalui My Computer. Hasilnya Nautilus tidak dapat membaca USB tersebut.

Setelah melakukan riset kecil diinternet, saya menemukan solusinya sebagai berikut :
Pindahkan file local di /usr/local menjadi /usr/local.old ( atau terserah )

#sudo mv /usr/local /usr/local.old

Buat file /usr/local kosong sbb :

#sudo mkdir /usr/local

Restart komputer dan colokkan USB anda, Semua berjalan normal lagi..

Linux is an adventure...

Kamis, Februari 11, 2010

Mencoba kehebatan InkScape dan GIMP untuk membuat Logo STIKES Qamarul Huda


GIMP dan InkScape adalah dua software pengolah grafik berbasis open source. Banyak sekali para professional yang menggunakan kedua software ini karena disamping kemampuannya yang baik, juga gratis. Saya mencoba (iseng-iseng) membuat logo STIKES Qamarul Huda dengan menggunakan kedua software tersebut. gambar yang anda lihat ini adalah hasil Inkscape yang sudah dipoles dengan GIMP, yaitu penambahan efek 3-dimensi dan Shadow.

Catatan : Anda dapat mendownload dan menggunakan logo ini sesuai keperluan anda. ( the pictures are free of charge !)

Hasil selengkapnya adalah sebagai berikut ini



Inkscape adalah pengolah grafik ( vektor ) yang cukup baik. Saya tidak pernah menggunakan software ini sama sekali. Tetapi saya
dapat merasakan kemudahan (user-friendly) dalam operasionalnya. Perlu sedikit waktu untuk menyesuaikan diri,
Hasil Inkscape

Logo Flat.

Logo ini ideal untuk pencetakan cover laporan atau tugas atau KTI dan Skripsi


Logo dengan efek 3d tanpa shadow

Sabtu, Januari 09, 2010

Installing HP Printer Driver on Linux Ubuntu

Ahaaa... a new HP Printer is in place !. It is a good laserjet printer with scanner capability. It works fine under windoze and Mac. What about the penguin? Can the penguin recognize and utilize the new printer instanly?.
Well it all depends on the model of your printer. Some models are seamlessly recognized from the moment you plug it in, but some are not !. So What to do when your linux doesn't print ?


Ofcourse the penguin can do anything of its counterparts capable of doing. Personally speaking, HP is the most linux-friendly Printer. So there should be no sweat connecting the penguin to the printer. There is an one-stop HP driver that should work with all HP Printer.

Simply Download http://sourceforge.net/projects/hplip/files/hplip/3.9.12/hplip-3.9.12.run/download and as its name suggests, run it !
At the time of posting, this is the latest installer. it is strongly recommended to download the latest driver.

Assuming that you download the file to Desktop, open up the containing folder ( desktop ) and change the .run file permission so that the file is now executable ( the command chmod a+x should do the trick !) and then, run it by typing its name. You might want to add sudo and ./ in front of the file.

sudo is needed when you access system-wide environment. Besides, the ./ command tells the penguin that the requested file is in current folder

Here is the summary of the installation process

cd ~/Desktop
chmod a+x hplip-3.9.12.run
sudo ./hplip-3.9.12.run

if it doesn't work, try this
sudo sh ./hplip-3.9.12.run

Simply follow the instruction on your screen.

Another way of installing the driver is through repositories. This is the easiest way people can find.

How to install the driver from repositories ?. Simply type the following command !

sudo apt-get install hplip

However, if your printer is a brand new latest series printer, the repositories might not update enough to get your printer works !. In this case, the first alternative is much better !.

Afterall, you might want to configure your new printer to maximize its functions

Type this

sudo hp-setup

There is a tutorial with some of screenshots. Here is the address
http://hplipopensource.com/hplip-web/install/install/index.html


I managed to install printer HP Laserjet M1319f MFP on my ubuntu 9.04. It works as fine as it does when it run on windoze (Printing and scanning).

Remember :
A person with ubuntu is open and available to others, affirming of others, does not feel threatened that others are able and good, for he or she has a proper self-assurance that comes from knowing that he or she belongs in a greater whole and is diminished when others are humiliated or diminished, when others are tortured or oppressed. ~ (Archbishop Desmond Tutu, 1999)


Senin, Januari 04, 2010

Instalasi PDF Printer pada Linux

Saya baru saja menginstall cups-pdf melalui synaptic package manager. Tapi setelah dicoba ternyata tidak bekerja (pada ubuntu 9.04). Seperti biasa pertanyaan muncul dalam benak saya, mengapa ?? jawabannya silahkan baca berikut ini


Sebelum saya mencari diinternet, saya merasa tertantang untuk menyelesaikan masalah ini sendiri. Langkah pertama adalah mencari file log yang ada di /var/log/cups/cups-pdf_log

Untuk melihatnya saya tulis
# sudo gedit /var/log/cups/cups-pdf_log
pesannya :
Sun Jan 3 08:03:31 2010 [ERROR] failed to create directory (/home/sastrawan/PDF)
Jelas bahwa masalahnya adalah tidak ada folder yang dipakai sebagai default output

untuk menyakinkan diri saya tentang hal ini saya membuka konfigurasi cups-pdf dan ternyata ada di /etc/cups/cups-pdf.conf

langsung ditampilkan dengan
#sudo gedit /etc/cups/cups-pdf

berikut ini adalah potongan dari isi file tersebut yang menjadi perhatian

### Key: Out
## CUPS-PDF output directory
## special qualifiers:
## ${HOME} will be expanded to the user's home directory
## ${USER} will be expanded to the user name
## in case it is an NFS export make sure it is exported without
## root_squash!
### Default: /var/spool/cups-pdf/${USER}

Out ${HOME}/PDF

Dapat dilihat bahwa hasil pencetakan pdf ditempatkan di /home/namauser/PDF

Saya langsung mendapat clue jawaban dari permasalahan tersebut. Ternyata folder PDF belum ada di /home. Oleh karena itu saya buat lagi secara manual (sambil mentertawakan 'kebodohan' tersebut).
Setelah selesai saya mencetak lagi ke PDF dan dengan tidak sabar membuka folder PDF yang ternyata kosong. Artinya file belum berhasil dibuat. Kali ini tertawa saya terhenti dan berganti dengan dahi yang berkerut plus rasa penasaran yang semakin besar.
OK, saya fikir saya harus membuka google yang kemudian menemukan forum pada website https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/cups-pdf/+bug/295318
Sebelumnya saya juga menemukan beberapa orang dapat mengatasi masalah hanya dengan membuat folder PDF. Sayang sekali dalam kasus saya, hal itu tidak menyelesaikan masalah meskipun permission untuk folder PDF sudah diganti menjadi 777 (lihat posting saya mengenai penggantian permission)

Dari forum tersebut saya mengetahui bahwa memang instalasi cups-pdf tidak secara otomatis membuat folder untuk outputnya (ahhhh...) sehingga harus dibuat manual. Karena saya sudah mencoba hal tersebut maka saya abaikan saja. kemudian saya mendapatkan clue lain yang tampaknya cukup bagus
1. hapus folder yang sudah dibuat

2. matikan sevice apparmor dengan cara

# sudo /etc/init.d/apparmor stop

3. Cetak lagi dengan PDF printer
dan sim salabim, folder PDF tercipta dengan sendirinya lengkap dengan hasil PDF yang diinginkan. Wahhh...(andai saja saya mengetahui hal ini sebelumnya.. !)

Menurut informasi, bug ini telah diperbaiki di ubuntu versi 9.10 ( Karmic Koala )

Sekarang saya kembali ke langkah awal untuk memodifikasi folder PDF menjadi PDF_Print. Dengan mengedit file /etc/cups/cups-pdf.conf dan mengganti out ke folder yang diinginkan serta melakukan printing, masalah sudah teratasi..

Sekali lagi saya mendapat kepuasan memecahkan masalah yang ada. Kepuasan seperti ini tidak pernah saya dapatkan selama menggunakan windoze !

Catatan : Jika komputer anda di restart dan anda akan menggunakan pdf printing lagi, maka anda sekali lagi harus menggunakan perintah
# sudo /etc/init.d/apparmor stop
untuk mematikan. Sedangkan untuk menghidupkan kembali service ini anda tinggal mengganti kata stop menjadi start
# sudo /etc/init.d/apparmor start

Terima kasih komunitas Linux sedunia !


Menginstall printer secara manual dalam linux

System Linux sudah dapat mengenali ratusan jenis printer yang ada dipasaran. Dengan hanya mencolokkan printer tersebut dan menyalakan powernya, maka linux akan mengenali secara otomatis.
Namun demikian beberapa printer tidak masuk ke dalam database paket instalasi standar. Sebagai contoh printer Canon Pixma IP 1900 tidak ada dalam paket instalasi linux ubuntu 9.04 (Jaunty Jackalope). Untuk menginstallnya diperlukan instalasi secara manual dengan cara sebagai berikut

1. Install libcupsys (usahakan yang terbaru dan paling stabil ) menggunakan synaptic package manager atau klik dua kali pada file deb. Versi terbaru pada saat ini adalah libcupsys2_1.3.9-17ubuntu3.4_all.deb.

Bagi anda yang belum tahu tentang Synaptic Package Manager, silahkan klik
System - Administration - Synaptic Package Manager.
Ketik libcupsys di box search untuk melihat apakah paket ini sudah terinstall atau belum. Biasanya libcupsys sudah diinstall secara default. silahkan lihat versi yang terpasang. Usahakan gunakan versi terbaru.

Jika versi yang tampil kurang dari versi diatas, maka disarankan untuk mendownload file tersebut diatas. Anda dapat menginstall file ini dari ubuntu.com atau repository ubuntu terdekat (silahkan di google). Double klik file tersebut akan membuka synaptic package manager secara otomatis. Silahkan ikuti petunjuk di layar

2. Install driver

Carilah driver yang sesuai untuk printer anda. Untuk Cannon dapat didownload melalui http://software.canon-europe.com/products/0010647.asp. FIle yang didownload disesuaikan dengan merek. Untuk Canon iP 1900, file yang diperlukan adalah: iP1900_debian_printer.tar.
Setelah didownload, ektrak file tersebut ke folder anda dan masuk ke folder tersebut lalu Installah 3 paket debian ( file berakhiran .deb) sekaligus dengan cara

Ketik sudo dpkg -i *.deb

Ketik password sudo anda dan tunggu sampai proses selesai. Setelah selesai

Ketik sudo apt-get -f install

sekarang silahkan nyalakan komputer anda dan hidupkan.
Selamat mencetak !


Menginstall printer secara manual dalam linux

System Linux sudah dapat mengenali ratusan jenis printer yang ada dipasaran. Dengan hanya mencolokkan printer tersebut dan menyalakan powernya, maka linux akan mengenali secara otomatis.
Namun demikian beberapa printer tidak masuk ke dalam database paket instalasi standar. Sebagai contoh printer Canon Pixma IP 1900 tidak ada dalam paket instalasi linux ubuntu 9.04 (Jaunty Jackalope). Untuk menginstallnya diperlukan instalasi secara manual dengan cara sebagai berikut

1. Install libcupsys (usahakan yang terbaru dan paling stabil ) menggunakan synaptic package manager atau klik dua kali pada file deb. Versi terbaru pada saat ini adalah libcupsys2_1.3.9-17ubuntu3.4_all.deb.

Bagi anda yang belum tahu tentang Synaptic Package Manager, silahkan klik
System - Administration - Synaptic Package Manager.
Ketik libcupsys di box search untuk melihat apakah paket ini sudah terinstall atau belum. Biasanya libcupsys sudah diinstall secara default. silahkan lihat versi yang terpasang. Usahakan gunakan versi terbaru.

Jika versi yang tampil kurang dari versi diatas, maka disarankan untuk mendownload file tersebut diatas. Anda dapat menginstall file ini dari ubuntu.com atau repository ubuntu terdekat (silahkan di google). Double klik file tersebut akan membuka synaptic package manager secara otomatis. Silahkan ikuti petunjuk di layar

2. Install driver

Carilah driver yang sesuai untuk printer anda. Untuk Cannon dapat didownload melalui http://software.canon-europe.com/products/0010647.asp. FIle yang didownload disesuaikan dengan merek. Untuk Canon iP 1900, file yang diperlukan adalah: iP1900_debian_printer.tar.
Setelah didownload, ektrak file tersebut ke folder anda dan masuk ke folder tersebut lalu Installah 3 paket debian ( file berakhiran .deb) sekaligus dengan cara

Ketik sudo dpkg -i *.deb

Ketik password sudo anda dan tunggu sampai proses selesai. Setelah selesai

Ketik sudo apt-get -f install

sekarang silahkan nyalakan komputer anda dan hidupkan.
Selamat mencetak !


Instalasi Paket BIN dalam Linux

Setelah update online tiba-tiba komputer saya tidak dapat install namapaket.bin. Paket bin adalah paket yang sebenarnya siap untuk dieksekusi, jadi tinggal ketik nama filenya dan programnya berjalan (persis seperti file exe pada windoze).
Permasalahan dapat saya atasi dengan menambahkan sh didepan perintah namapaket.bin

Sabtu, Januari 02, 2010

Menonaktifkan Touchpad pada saat pengetikan

Anda tentu pernah mengalami masalah yang sering saya hadapi pada saat mengetik dokumen, yaitu cursor berpindah secara "misterius" ke tempat lain padahal anda tidak berniat memindahkan kursor tersebut. Hal ini tentunya hanya terjadi pada pengguna laptop yang menggunakan touchpad. Sebetulnya perpindahan kursor tersebut terjadi secara tidak sengaja yaitu ketika pengguna menyentuh keypad dengan telapak tangannya yang menyebabkan touchpad memberi respon.

Beberapa jenis laptop menyediakan softkey atau bahkan dedicated key untuk menonaktifkan touchpad. Kebetulan laptop saya yang baru ( Dell Inspiron 1440 ) tidak memiliki keduanya sehingga saya harus mencari tahu cara menonaktifkan keypadnya.
Saya menggunakan Ubuntu 9.04. Seperti biasa saya mencari dulu software yang tersedia di repositories dengan menggunakan synaptic package manager. Saya menemukan software TouchFreeze. Ternyata setelah saya install tidak memberikan hasil yang memuaskan. Meskipun touchpad sudah didisable tetap saja dapat digunakan.
Alternatif kedua adalah dengan mencari di System - Help and Support pada menu bar ubuntu menggunakan kata kunci touchpad. Akhirnya saya menemukan syndaemon manual page.

Ternyata perintah untuk menonaktifkan touchpad sederhana sekali yaitu
# syndaemon -d
Jika ada masalah dengan permission, tambahkan kata 'sudo' (tanpa tanda kutip) di awal perintah.
Jika perintah tidak dijalankan oleh komputer, maka kemungkinan syndaemon belum terinstall di komputer anda. gunakan perintah
# sudo apt-get install syndaemon
Pastikan anda terhubung ke internet dulu.
Anda mungkin harus menambahkan kata
Parameter lain yang dapat digunakan dapat dilihat dengan mengetikkan perintah

#man syndaemon

Sekarang touchpad anda akan mati selama anda mengetik. Touchpad akan aktif kembali jika anda mengetik huruf terakhir dalam selang waktu 2 detik (default) Tentu saja anda dapat mengganti interval waktu ini sesuai keinginan anda. Cukup dengan menambahkan parameter-i(waktu dalam detik) seperti berikut ini

#syndaemon -i3 -d (intervalnya 3 detik sejak pengetikan terakhir)

Sekarang untuk membuat syndaemon dijalakan secara otomatis setiap kali menyalakan laptop anda maka tambahkan saja ke dalam startup aplication ( Melalui menu System - Preferences - Startup Aplication)
tambahkan informasi berikut

Name: Mengontrol touchpad
Command: syndaemon -d
Comment: Menonaktifkan touchpad pada saat pengetikan

OK. Sekarang anda siap mengetik tanpa gangguan dari 'hantu kursor'

Linux is about sharing !


Meninjau Kriteria inklusi dan eksklusi dalam pengambilan sampel untuk penelitian.

Menentukan kriteria inklusi dan atau ekslusi dalam penelitian seringkali menjadi permasalahan tersendiri, terutama bagi para mahasiswa yan...